의 안 번 호	제 호		의결사항
의 결 연 월 일	2009. . . (제 회)

조세특례제한법 일부개정법률 공포안

제 출 자	국무총리 한승수 (법제처 소관)
제출 연월일	2009. . .

1. 의결주문

조세특례제한법 일부개정법률 공포안을 별지와 같이 의결한다.

2. 제안이유

2009년도 제281회 임시국회에서 의결되어 정부로 이송되어 온 조세특례제한법 일부개정법률을 헌법 제53조에 따라 공포하려는 것임.

3. 개정이유 및 주요내용

○ 개정이유

경영상 어려움에도 불구하고 임금삭감 방식으로 고용을 유지하는 기업에 대하여 세제지원을 하고, 기업의 구조조정 과정에서 발생하는 퇴직자에 대하여 퇴직소득세액공제제도를 도입하는 등 세계적인 금융위기와 경기침체로 어려움에 처한 기업과 근로자 등을 지원하기 위한 제도를 마련하며,

서울특별시 밖에 소재하는 미분양주택을 취득하는 경우 취득일로부터 5년간 양도소득세를 감면하도록 하는 등 경제활성화를 위한 세제지원제도를 도입하려는 것임.

○ 주요내용

가. 고용유지기업에 대한 과세특례(안 제30조의3 신설)

중소기업이 경영상 어려움에도 불구하고 해당 종업원에 대해 임금삭감의 방식으로 고용을 유지하는 경우, 2년간 한시적으로 임금삭감액의 50%를 과세소득에서 공제함.

나. 공익사업 목적으로 매수 또는 수용되는 토지에 대한 양도세 감면(안 제77조의3제2항 신설)

개발제한구역에서 해제된 토지 등이 공익사업 목적으로 수용되는 경우로서 개발제한구역 해제일부터 1년 이내에 사업인정고시된 경우(단, 개발제한구역 해제 이전에 경제자유구역 등이 지정된 경우에는 5년 이내)에는 개발제한구역 지정 전에 취득한 토지는 50%, 사업인정고시일부터 소급하여 20년 이전에 취득한 토지는 30%의 양도소득세를 감면함.

다. 미분양주택펀드 등에 대한 과세특례(안 제91조의11 신설)

거주자가 미분양주택펀드 등에 투자함으로써 받는 배당소득에 대해 투자액 1억원까지는 비과세하고, 1억원 초과분은 14%의 세율로 분리과세함.

라. 퇴직소득에 대한 세액공제 특례(안 제96조 신설)

임원 등을 제외한 거주자가 2009년 12월 31일까지 퇴직하는 경우 퇴직소득 산출세액의 30%를 산출세액에서 세액공제하되, 근속연수에 24만원을 곱한 금액을 한도로 함.

마. 지방 미분양주택에 대한 양도소득세 과세 특례(안 제98조의2제4항 신설)

2008년 11월 3일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 지방 미분양주택은 기존에 보유한 일반주택을 양도할 때 주택 수에 포함하지 아니함.

바. 미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례(안 제98조의3 신설)

2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지 서울특별시 밖에 소재하는 미분양주택을 취득하여 추후 양도하는 경우 해당 주택에 대하여는 5년간 발생하는 양도차익을 전액(수도권과밀억제권역은 60%) 감면함.

사. 금융기관의 부실채권정리기금 반환금 출자 시 손금산입 특례(안 제104조의11 신설)

금융기관이 부실채권정리기금으로부터 잔여재산을 반환받아 이를 1년 이내에 금융소외계층의 신용회복지원을 목적으로 하는 법인에 출자하는 경우 그 출자로 취득한 주식을 처분 또는 해당 법인이 해산할 때까지 그 반환금 중 출자금액에 상당하는 법인세의 과세를 이연(移延)함.

아. 중복지원의 배제(안 제127조제9항 신설)

서울특별시 밖의 미분양주택에 대한 5년간 양도소득세 감면과 지방 미분양주택에 대한 양도소득세 특례가 동시에 적용되는 경우 하나만 선택 적용하도록 함.

4. 재의요구여부

정부에 이송된 조세특례제한법 일부개정법률안에 대하여 헌법 제53조제2항에 규정된 재의요구에 관한 의견이 없었으므로 국회이송안대로 심의․의결함.

5. 관계법령

〔 대한민국헌법 〕

제53조 ①국회에서 의결된 법률안은 정부에 이송되어 15일이내에 대통령이 공포한다.

②법률안에 이의가 있을 때에는 대통령은 제1항의 기간내에 이의서를 붙여 국회로 환부하고, 그 재의를 요구할 수 있다. 국회의 폐회중에도 또한 같다.

③ ～ ⑦ (생  략)

법률  제        호

조세특례제한법 일부개정법률안

조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.

제2장제4절의2의 제목 “정규직 근로자로의 전환에 따른 조세특례”를 “고용지원을 위한 조세특례”로 한다.

제2장제4절의2에 제30조의3을 다음과 같이 신설한다.

제30조의3(고용유지기업에 대한 과세특례) ① 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 제2항의 산식에 따라 계산한 금액을 2010년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 각 사업연도의 소득 또는 종합소득금액에서 공제할 수 있다.

1. 해당 과세연도의 매출액이 직전 과세연도 매출액 대비 일정비율 이상 감소하는 등 대통령령으로 정하는 경영상 어려움이 있는 경우

2. 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수와 비교하여 대통령령으로 정하는 일정비율 이상 감소하지 아니한 경우

3. 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 상시근로자 1인당 연간 임금총액이 직전 과세연도에 비하여 감소한 경우

② 제1항에 따라 소득공제하는 금액은 다음 산식에 따라 계산한다.

(직전 과세연도 상시근로자 1인당 연간 임금총액 - 해당 과세연도 상시근로자 1인당 연간 임금총액) × 해당 과세연도 상시근로자 수 × 100분의 50

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 상시근로자의 범위 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제77조의3제1항 각 호 외의 부분 중 “지정된 개발제한구역”을 “지정된 개발제한구역(이하 이 조에서 “개발제한구역”이라 한다)”으로 하고, 같은 조 제2항 및 제3항을 각각 제3항 및 제4항으로 하며, 같은 조에 제2항을 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제3항(종전의 제2항) 중 “제1항”을 “제1항 및 제2항”으로 하며, 같은 조 제4항(종전의 제3항) 중 “제1항”을 “제1항 및 제2항”으로 한다.

② 개발제한구역에서 해제된 해당 토지등을 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따른 협의매수 또는 수용을 통하여 2011년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다음 각 호에 따른 세액을 감면한다. 다만, 개발제한구역 해제일부터 1년(개발제한구역 해제 이전에 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률」에 따른 경제자유구역의 지정 등 대통령령으로 정하는 지역으로 지정이 된 경우에는 5년) 이내에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 사업인정고시가 된 경우에 한정한다.

1. 개발제한구역 지정일 이전에 해당 토지등을 취득하여 취득일부터 사업인정고시일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액

2. 사업인정고시일부터 20년 이전에 취득하여 취득일부터 사업인정고시일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 30에 상당하는 세액

제2장제9절에 제91조의11을 다음과 같이 신설한다.

제91조의11(미분양주택 투자신탁 등에 대한 과세특례) ① 거주자가 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 “미분양주택”이라 한다)에 직접 또는 간접적으로 투자하는 것을 목적으로 설립된 대통령령으로 정하는 투자신탁, 투자회사 및 부동산투자회사(이하 이 조에서 “미분양주택 투자신탁 등”이라 한다)에 2009년 12월 31일까지 가입하여 2012년 12월 31일 이전에 받는 배당소득 중 해당 미분양주택 투자신탁 등별로 투자금액 1억원까지에서 발생하는 배당소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다. 이 경우 투자금액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액에서 발생하는 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준을 계산할 때 합산하지 아니한다.

② 미분양주택의 처분지연 등으로 2012년 12월 31일까지 배당소득 지급이 불가능한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 2013년 12월 31일까지 지급받는 배당소득에 대하여 제1항을 적용한다.

③ 원천징수의무자가 미분양주택 투자신탁 등의 배당소득을 원천징수하는 경우에는 그 배당소득을 지급하는 날이 속하는 분기 종료일의 다음 달 말일까지 기획재정부령으로 정하는 미분양주택 투자신탁 등 배당소득 비과세․분리과세명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 미분양주택 투자신탁 등의 가입방법과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제96조를 다음과 같이 신설한다.

제96조(퇴직소득에 대한 세액공제 특례) ① 거주자(대통령령으로 정하는 임원을 제외한다)가 2009년 12월 31일까지 퇴직하여 「소득세법」 제22조제1항에 따른 퇴직소득이 있는 경우 해당 퇴직소득의 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액을 그 산출세액에서 공제한다. 다만, 공제세액이 「소득세법」 제48조제1항제2호에 따른 근속연수에 24만원을 곱하여 계산한 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 한다.

제1항에도 불구하고 종업원이 임원으로 취임한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

제98조의2제4항을 제5항으로 하고, 같은 조에 제4항을 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제5항(종전의 제4항) 중 “제1항부터 제3항”을 “제1항부터 제4항”으로 한다.

④ 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 제104조제1항제2호의3부터 제2호의6까지의 규정을 적용할 때 제1항을 적용받는 지방 미분양주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

제98조의3을 다음과 같이 신설한다.

제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자가 서울특별시 밖의 지역(「소득세법」 제104조의2에 따른 지정지역은 제외한다)에 소재하는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 “미분양주택”이라 한다)을 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 「주택법」 제38조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역 안의 지역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택

2. 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택

③ 「소득세법」 제89조제1항제3호 및 제104조제1항제2호의3부터 제2호의6까지의 규정을 적용할 때 제1항 및 제2항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

④ 제1항 및 제2항을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 「소득세법」 제95조제2항 및 제104조제1항제2호ㆍ제2호의2부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.

1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표1(같은 조 제2항 단서에 해당하는 경우에는 표2)에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율

⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제104조의11을 다음과 같이 신설한다.

제104조의11(금융기관의 부실채권정리기금 반환금 출자 시 손금산입 특례) ① 법률 제5371호 금융기관부실자산등의효율적처리및성업공사의설립에관한법률 부칙 제2조제5항 단서에 따라 금융기관이 2009년 12월 31일까지 부실채권정리기금으로부터 잔여재산을 반환받아 이를 반환받은 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 종료일까지 금융소외계층의 신용회복 지원을 목적으로 하는 법인으로서 기획재정부장관이 지정한 법인에 출자하여 주식을 취득하려는 경우 그 반환금 중 출자하려는 금액을 그 반환받은 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 주식을 처분(제1항의 반환금으로 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 제1항의 반환금으로 취득한 주식을 먼저 처분한 것으로 본다)하거나 해당 법인이 해산하는 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입하되, 일부 주식을 처분하는 경우에는 다음 산식에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다.

압축기장 충당금	×	제1항의 반환금으로 취득한 주식 중 처분한 주식수
		제1항의 반환금으로 취득한 주식수

③ 제1항에 따라 출자하려는 금액을 손금에 산입한 금융기관이 손금에 산입한 금액을 기한 내에 출자하지 아니하거나 출자하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 출자하지 아니한 금액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하며, 이 경우 법인세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 제9조제4항을 준용한다. 다만, 합병 또는 분할하는 경우로서 합병법인․분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)이 그 금액을 승계한 경우를 제외하며, 이 경우 그 금액은 합병법인등이 제1항에 따라 손금에 산입한 것으로 본다.

④ 제1항을 적용받으려는 금융기관은 해당 과세연도의 법인세 과세표준신고와 함께 부실채권정리기금 반환금 출자계획서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

제127조제3항 중 “제100조의14”를 “제104조의14”로 하고, 같은 조에 제9항을 다음과 같이 신설한다.

⑨ 거주자가 주택을 양도하여 제98조의2와 제98조의3이 동시에 적용되는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다.

부칙

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(고용유지기업에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제30조의3의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도분부터 적용한다.

제3조(개발제한구역 지정에 따른 매수대상 토지등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제77조의3의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제4조(미분양주택 투자신탁 등에 대한 과세특례에 관한 적용례) 제91조의11의 개정규정은 이 법 시행일 이후 최초로 지급받는 분부터 적용한다.

제5조(퇴직소득에 대한 세액공제 특례에 관한 적용례) 제96조의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다.

제6조(지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례에 관한 적용례) 제98조의2제4항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제7조(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 적용례) 제98조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

제8조(금융기관의 부실채권정리기금 반환금 출자 시 손금산입 특례에 관한 적용례) 제104조의11의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 신고하는 사업연도분부터 적용한다.

제9조(퇴직소득에 대한 세액공제 특례에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 퇴직함에 따라 종전의 규정을 적용하여 거주자의 2009연도분 퇴직소득세액이 원천징수된 경우로서 그 원천징수된 세액이 이 법의 개정규정에 따라 납부할 세액을 초과하는 경우에는 「소득세법」 제71조에 따른 퇴직소득 과세표준확정신고에 따라 초과납부한 세액을 환급받을 수 있다.